Аксу-Жабаглинский заповедник представляет собой природную зону, где растут около 173 видов растительности. Это не только деревья, но и грибы, более 63 видов лишайников и водорослей и около 1400 видов высших растений. Эмблемой заповедника является тюльпан Грейга, чьи лепестки редкого багрового цвета в длину достигают 15 см.

Самый большой вид живности, обитающие в заповеднике-это птицы. Среди 267 видов птиц-130 видов гнездятся на территории заповедника, а 11 видов занесены в Красную Книгу. Также среди 11 видов рептилий, обитающих на территории заповедника, редкий вид безногой ящерицы желтопузика, который занесён в Красную Книгу.

Кроме того, на территории заповедника проживают около 60 видов млекопитающих, среди которых такие редкие виды животных как архар, горный козел, марал, каменная куниц, ондатра. Среди этих видов 10 занесены в Красную Книгу. Среди них:снежный барс, Тянь-Шанский сурок Мензбура и архар.