Қазіргі уақытта қоғамның құрамында мынадай бөлімшелер бар:

• Қоғам Президиумы
• Ғылыми кеңес
• Тексеру комиссиясы
• Қамқоршылық кеңесі

Осы бөлімшелердің құрамына тек Қазақ Географиялық қоғамының нақты мүшелері ғана сайлануға құқылы.

Президиум

• Съезд, қамқоршылық және ғылыми кеңестердің шешімдерін орындау жөніндегі жұмысты ұйымдастырады.
• Президиум төрағасымен бірлесіп президиум төрағасының орынбасарларының қызмет бағыттарын және олардың лауазымдық міндеттерін айқындайды.
• Шет мемлекеттердің географиялық қоғамдарымен, өзге де шетелдік және халықаралық ұйымдармен өзара байланысты жүзеге асырады.
• Бөлімшелердің қоғам мүшелігіне қабылдау және қатардан шығару туралы шешімдерін бекітеді.
• Ғылыми конференциялар шақырады.
• Кітапхана мен мұрағаттың жинақталуы және жұмысы мәселелерін қарайды.

Ғылыми кеңес

• Сараптама комиссияларының, оның ішінде наградалар жөніндегі комиссияның құрамын бекіту.
• Медальдарды, сыйлықтарды және құрметті дипломдарды беру бойынша үміткерлерді қамқоршылық кеңесіне ұсыну.
• Съезге Бірлестіктің Құрметті мүшесі атағын беру үшін кандидаттарды ұсыну.
• ҚР Ұлттық Ғылым Академиясының және басқа да академиялардың мүшелігіне сайлау үшін кандидаттарды ұсыну.

Тексеру комиссиясы

Қоғамның қаржы-шаруашылық қызметін бақылауды жүзеге асырады және ол үшін жауапты болады. Съезд сайлайды.

Қамқоршылық кеңесі

• Қоғам басшылығына материалдық-техникалық базаны нығайтуда көмек көрсету.
• Қоғамның жарғылық мақсаттарын ұйымдастыру мен іске асыруға жәрдемдесу.
• Қазақстан Республикасының заңнамасына сәйкес басқа да іс-шараларды жүзеге асыру.