В настоящее время общество имеет в своём составе следующие подразделения:

• Президиум Общества
• Учёный совет
• Ревизионную комиссию
• Попечительский совет

В состав этих подразделений имеют право быть избранными только действительные члены Казахского Географического общества.

Президиум

• Организует работу по выполнению решений съезда, попечительского и учёного советов.
• Совместно с председателем президиума определяет направления деятельности заместителей председателя президиума и их должностные обязанности.
• Осуществляет взаимосвязь с географическими обществами зарубежных государств, иными зарубежными и международными организациями.
• Утверждает решения отделений о приёме в члены общества и об исключении из его рядов.
• Созывает научные конференции.
• Рассматривает вопросы комплектования и работы библиотеки и архива.

Учёный совет

• Утверждение состава экспертных комиссий, в том числе комиссии по наградам.
• Представление кандидатур попечительскому совету на присуждение медалей, премий и почётных дипломов.
• Рекомендация съезду кандидатов для присвоения званий Почётного Члена Объединения.
• Выдвижение кандидатов для избрания в члены Национальной Академии Наук РК и иных академий.

Ревизионная комиссия

Осуществляет контроль и несёт ответственность за финансово-хозяйственную деятельность общества. Избирается съездом.

Попечительский совет

• Оказание помощи руководству общества в укреплении материально-технической базы.
• Оказание содействия в организации и реализации уставных целей общества.
• Осуществление других мероприятий в соответствии с законодательством Республики Казахстан.